Linksamling for 27611

From teaching

Jump to: navigation, search

Contents

Taxonomi

Tree of Life http://www.tolweb.org/
(God beskrivende Taxonomi database - begrænset udvalg af organismer).
NCBI Taxonomy http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/
(Noget "teknisk" men meget udtømmende taxonomisk database. TaxIDs bruges også i GenBank).
Common Tree funktionen kan bruges til at undersøge hvor tæt to eller flere organismer ligger evolutionært set: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgi
NCBI Søgning med Token set, kan bruges hvis man ikke kender det latinske navn: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi

DNA Databaser

GenBank
Hovedside: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html
Direkte til søgeside: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide
SGD (Saccharomyces Genome Database) http://www.yeastgenome.org
(Gærgenomet)
Gene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
Database over gener i komplet sekventerede genomer og deres fænotyper.

Translation

Virtual Ribosome http://www.cbs.dtu.dk/services/VirtualRibosome/
"The Genetic Codes" (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c
Information om translationsmatricer:

Proteindatabaser

Proteinsekvens

UniProt http://www.uniprot.org

Protein 3D struktur

PDB (Protein Data Bank) http://www.pdb.org/

Proteindomæner

PFAM http://pfam.sanger.ac.uk/

Alignment

Parvis alignment

Parvis alignment (global og lokal) http://www.ebi.ac.uk/emboss/
Brug Needle til globalt alignment og Water til lokalt alignment

Multiple alignment

Multiple alignment metoder på EBI's server
RevTrans http://www.cbs.dtu.dk/services/RevTrans-2.0/web/

Fylogenetiske træer

TreeHugger http://www.cbs.dtu.dk/services/TreeHugger/web/

BLAST

Bemærk: Stort set alle sekvensdatabaser tilbyder BLAST som mulighed for at søge i dem. I kurset har vi brugt BLAST hos NCBI, da NCBI tilbyder det største udvalg af databaser, og er hjemstedet for GenBank.

BLAST hos NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
  • BLASTN: Vælg "nucleotide blast" og "blastn" på næste side.
NB: VI skal ikke bruge "megablast" i dette kursus (den er bygget til at finde ting der er meget ens).
  • BLASTP: Vælg "protein blast" og "blastp" på næste side.
Ang. protein-domæner: Info om protein-domæner er på resultat-siden. Klik på link'et i toppen for at se info.

Husk for BLASTN og BLASTP at vælge en relevant database at BLAST'e imod (brug NR/NT for at få det store overblik - brug gerne en organismespecifik database hvis det giver mening).

Klik på "B" ikonet ud for de enkelte organismer for at BLAST'e mod dem.
PSI-BLAST
Gå til BLAST hos NCBI (se ovenstående) og vælg "Protein blast" - på næste side kan man vælge PSI-BLAST.

Vægtmatricer og sekvenslogoer

EasyPred http://www.cbs.dtu.dk/biotools/EasyPred/
Blast2logo http://www.cbs.dtu.dk/biotools/Blast2logo/
Personal tools