BioGym hold01
From teaching
Contents |
Kursusforløb i Bioinformatik
- Efterår 2010
Hovedside: Kursusbeskrivelse
Tidsplan - 6-8 oktober, 2010
Onsdag 6. oktober 2010
STED: bygning 101 i mødelokale s2 (s02)
- 12.00 - 13.00
- Foredrag: Introduktion – Evolution og DNA, biologisk information, DNA struktur og sekventering
- Baggrundsmateriale: "DNA Sequencing Tutorial" (File:DNA SequencingTutorial.pdf)
- Hand-out øvelse: "Base calling" (File:Ex BaseCalling.pdf).
- Hand-out materiale:
- GenBank og FASTA fil format (File:GenBank+fasta handout dk.pdf)
- Eukaryot gen-struktur (File:GeneStructure.pdf).
- Slides: Introduktion, Evolution & DNA sekventering ([PowerPoint])
- Rasmus Wernersson (raz@cbs.dtu.dk)
- 13.00 - 14.00
- Øvelse: Søgning efter taksonomisk information i "Tree of Life" og "NCBI Taxonomy"
- Svar: Svar til taksonomi øvelsen ([på engelsk])
- 14.00 - 15.00
- Øvelse: Søgning efter DNA sekvenser i GenBank databasen
- Svar: Svar til GenBank øvelsen ([på engelsk])
- 15.00 - 15.30
- Foredrag: Proteiner og proteindatabaser
- Hand-out materiale: Proteinstrukturniveauer (PDF)
- Slides: Proteinsekvenser & UniProt ([PowerPoint])
- Rasmus Wernersson (raz@cbs.dtu.dk)
- 15.30 - 17.00
- Øvelse: Søgning efter proteinsekvenser i UniProt databasen
- 17.00 - 18.00
- Foredrag: Bioinformatik i industrien
- Nikolaj Blom, Afdelingsleder, Novozymes A/S
- 18.00 - 18.30
- Foredrag: Biotech Academy præsenterer undervisningsmateriale til brug i gymnasiet
- Mads Bonde (email: mab@bio.dtu.dk)
- 18.30
- Middag - lasagne mm.
Torsdag 7. oktober 2010
STED: bygning 101 i mødelokale s2 (s02)
- 09.00-10.00
- Foredrag: Parvis Alignment (PDF) (Handout øvelse)
- Ekstra materiale: Kort video foredrag om Dynamisk Programmering ([MPEG4]) - indtalt i 2008 til vores DTU kursus "27611: Introduktion til Bioinformatik".
- Anders Gorm Pedersen (gorm@cbs.dtu.dk)
- 10.00-11.45
- Øvelse: Brug af parvis alignment til sammenligning af sekvenser
- 11.45-12.00
- Foredrag: Ang. DTU Explore
- Yderligere info: [DTU Explore]
- 12.00-13.00
- Frokost
- 13.00-14.00
- Foredrag: Databasesøgning/BLAST (PDF)
- Anders Gorm Pedersen (gorm@cbs.dtu.dk)
- 14.00-15.30
- Øvelse: Brug af BLAST til søgning efter homologe DNA- og protein-sekvenser
- (Vi skal her nøjes med del 1 + del 2 (genom-specifik BLAST udelades).
- 15.30-16.30
- Foredrag: PDB og PyMOL (PowerPoint)
- Thomas Blicher (blicher@cbs.dtu.dk)
- 16.30-18.00
- Øvelse: Brug af PyMOL til visualisering og udforskning af protein 3d strukturer
Fredag 8. oktober 2010
STED: bygning 101 i mødelokale s4 (s04)
- 09.00-09.30
- Foredrag: Multiple alignment (PDF)
- Anders Gorm Pedersen (gorm@cbs.dtu.dk)
- 09.30-10.00
- Øvelse: Multiple alignment
- 10.00-10.45
- Foredrag: Fylogenetiske træer (PDF) (Handout øvelse)
- 10.45-12.00
- Øvelse: Fylogenetiske træer
- NB: Download og installer venligst først programmet FigTree
- 12.00-13.00
- Frokost
- 13.00-13.30
- Foredrag: Introduktion til Malaria PDF
- Daniel Aaen Hansen (daniel@cbs.dtu.dk)
- 13.30-15.30
- Øvelse: Opsamlende øvelse - design af en malaria vaccine ved brug af bioinformatiske værktøjer
